Трепанация (юн. трйпанон — парма, трепан) — суяк бўшлиғини тешиб очиш операцияси. Дастлаб миядаги ўсма ёки гематомаларни олиб ташлаш мақсадида калла суяклари трепанация қилинган. Ҳозирги тиббиёт амалиётида калла суяклари трепанацияси билан бирга остеомиелита найсимон суяклар, мастоидица чакка суягининг сўрғичсимон ўсимтаси трепанация қилинади. Тиш бўшлиғини очиш, кўз оқи операцияси, шунингдек, кўмикдан текшириш учун олиш (трепанобиопсия) ҳам трепанация деб юритилади.